Ájtte bedriver forskning om människor och natur i fjällregionen och Sápmi. Museets forskning integrerar olika ämnen och discipliner som belyser samspelet mellan naturen, den samiska kulturen och andra människor som bor och är verksamma i Sápmi. Ájttes forskning knyter ihop historia, nutid och framtid och utforskar de utmaningar som fjällområdet och det samiska samhället står inför idag.

I centrum står frågor som handlar om en livskraftig och hållbar livsmiljö, Eallinbiras / Iellembirás / Jielemen birja, om landskapet, luondduoaindu, och Árbediehtu / Árbbediehto/ Aerpimaahtoe, den traditionella kunskapen som är en grundsten i den samiska kulturen.

Ájtte är en mötesplats för forskare, studenter och andra aktörer som vill utveckla och utbyta kunskap. Museet ingår i olika partnerskap och samarbetar med svenska och internationella universitet och museer. På Ájtte finns forskarplatser samt möjligheter att lokalisera möten och konferenser.