Ájttes kulturhistoriska föremålssamlingar speglar museets verksamhet som fjällmuseum och samiskt huvudmuseum i Sverige. Stommen i samlingen är föremål med anknytning till samiskt liv. Målet är att Ájtte ska ha samiska föremålssamlingar som geografiskt täcker verksamhetsområdet och som speglar den materiella och kulturella mångfalden från olika tider fram till nutid.
I samlingarna finns även föremål med annan anknytning till fjällområdet. Till de kulturhistoriska samlingarna hör även konstsamlingen och den arkeologiska samlingen.
Ájttes naturhistoriska samlingar består av däggdjur, fåglar, fiskar, insekter, evertebrater, svampar, mossor och lavar samt kärlväxter. Arbetet är framförallt inriktat på att skapa representativa referenssamlingar av framför allt fåglar och däggdjur.
Ájtte är dessutom ett av fem museer i landet som har tillstånd och kompetens att ta hand om statens vilt.